Comment convertir une analyse par ultrasons Voluson 4D (fichier .V00) en une vidéo?

.V00 fichiers .V00 sont le format "Kretzfile" / "Kretz 3D Ultrasound Images" [ source ]. La connexion entre GE Healthcare et Kretz est parce que "En 2001, GE Medical Systems a acquis une participation importante dans Kretztechnik AG de Medison, et Kretztechnik AG est devenu une filiale à part entière de GE Medical Systems" [ source ].

Vous pouvez utiliser la vue 4D . Il s'agit du logiciel PC "officiel" fourni par GE Healthcare pour leurs machines d'imagerie par ultrasons Voluson. Exemple de processus sur l'exportation vers une vidéo:

1. Ouvrez le fichier dans la vue 4D et choisissez "Fichier → Exporter 4D Img. Cine Sequence …".
2. Cochez l'option "Compression" (sauf si vous souhaitez post-traitement à l'étape 4, n'utilisez pas de compression pour éviter un bug ). Laissez "Rapport de réduction" à "1.00: 1", sinon il réduirait la résolution de la vidéo.
3. Cliquez sur "Enregistrer" pour exporter le volume 4D vers le format .avi . Ce que vous obtenez devrait ressembler à une relecture dans 4D View , juste sans tous les lettrages.

4. Pour supprimer les énormes bordures noires de la vidéo, pour connecter plusieurs vidéos exportées et pour convertir tout cela en un petit format MP4, vous pouvez exécuter la commande ffmpeg suivante dans un shell Linux, alors que dans un répertoire contenant votre fichier export exporté, non compressé. Fichiers et rien d'autre:

    ffmpeg \ -i concat:"$(ls -l *.avi | awk 'BEGIN {ORS="|"} { print $9 }')" \ -filter:v "crop=400:380:332:175" \ -r 25 \ -crf 18 \ output.mp4 

   Ceci est basé sur plusieurs autres réponses . Si vous avez avconv place, cela fonctionne avec les mêmes paramètres. Il suppose un contenu px de 400 × 380 à partir de x = 332, y = 175 (c'est-à-dire sur centré sur une vidéo 1068 × 740 px) – adaptez les valeurs de paramètre crop= à votre cas si nécessaire en mesurant sur une image fixe. -crf 18 sélectionne une qualité supérieure à la valeur par défaut -crf 23 , au détriment d'une plus grande taille de fichier. Je doute que l'amélioration de la qualité soit visible …

5. Pour l'archivage, vous pouvez stocker les vidéos AVI individuelles (énormes si elles ne sont pas compressées!) Dans un bon format sans perte ou sans perte, sans les concaténer, mais en supprimant de nouveau la bordure noire inutile:

    for file in *.avi; do ffmpeg \ -i $file \ -c:v libx264 \ -preset veryslow \ -crf 1 \ -r 25 \ -filter:v "crop=400:380:332:175" \ ${file/.avi/.mp4}; done 

   Cela utilise H.264 avec la valeur de quantificateur 1 ( -crf 1 ), qui est très proche sans perte [ source ] et 25 fois plus petit que les AVI non compressés d'origine. Vous pouvez également utiliser -crf 0 ou mieux -qp 0 , ce qui entraînera un H.264 vraiment sans perte. Il est environ 20% plus grand, et tous les joueurs ne peuvent pas le lire [ détails ]. Mais VLC et YouTube peuvent, par exemple.

Quelques conseils sur l'obtention et l'installation de la vue 4D:

• 4D View est disponible sous forme de logiciel sous licence, d'une version de démonstration sans restriction de 60 jours et d'une version non décalée non expirée [ voir ]. Tout semble capable d'exporter vers les fichiers .avi , mais j'ai seulement essayé avec la démo de 60 jours.
• Les versions plus récentes de 4D View ne peuvent être téléchargées que par les propriétaires enregistrés des machines Voluson (vous devez vous inscrire et donner le numéro de série de votre machine, mais peut-être qu'elles feront une exception si vous le demandez). Les versions antérieures étaient publiquement téléchargeables et sont toujours disponibles sur le Web.
• La vue 4D est conçue pour Windows 7, mais peut également être installée dans Windows XP, etc.
• L'affichage 4D ne peut pas être utilisé dans une machine virtuelle, au moins pas dans VirtualBox avec Windows XP invité (et l'accélération 3D activée). Lorsque vous essayez de le démarrer, 4D View se plaignit "Aucune carte graphique suffisante trouvée ou le pilote n'est pas installé" et quittez.

D'autres détails et contacts concernant la conversion de fichiers V00 se trouvent dans ce thread comp.protocols.dicom . Pour les informations de base, il existe également le manuel de service Voluson S6 / S8 . Pour les tests, voici une analyse 3D difficile à trouver dans le format Kretzfile pour téléchargement; En 3D, cependant, ne permettant pas la conversion 4D-to- .avi avec 4D View.

Non possible: 4DTheFetusView . Cet outil est identique à celui d'une version 2005 de 4D View et disponible pour téléchargement gratuit. Sauf, cela ne peut être utilisé que pour ouvrir des volumes de démonstration partagés via sonoworld.com . Ces volumes de démonstration 4D ont été attachés à plusieurs de leurs cas (y compris ceci , ceci , ceci ) mais ne sont plus disponibles pour téléchargement.

Non possible: DICOMatic . Il s'agit d'un outil de conversion librement téléchargeable qui peut convertir une multitude de formats d'imagerie médicale propriétaires au nouveau format standard DICOM . Juste que les filigranes d'une version non enregistrée exportent des images [ source ]. De DICOM, on peut procéder aux outils disponibles gratuitement MicroDICOM ou DICOM Cine Viewer pour exporter un fichier vidéo. Cependant, pour le format GE KretzFile, DICOMatic note que "DICOM ne [ne supporte pas les volumes 3D pour les images échographiques" [ source ]. Lorsque vous essayez d'ouvrir un fichier .V00 dans DICOMatic, j'ai noté qu'il ne supporte pas les coordonnées polaires. Probablement cela équivaut à dire que les volumes 3D ne sont pas pris en charge (?). Donc, cela n'a pas fonctionné (pour moi), mais le fabricant affirme qu'il devrait fonctionner [ source ].

Pas possible: TomoVision et un screengrabber. TomoVision est un visualiseur pour les formats d'images médicales, donc s'il pouvait rendre des séquences .V00, on pourrait le convertir en une vidéo avec un screengrabber. Cependant, puisqu'il utilise la même bibliothèque que DICOMatic [ source ], il sera également impossible de lire le volume 4D. Encore une fois, le fabricant affirme qu'il devrait être possible [ source ].

En supposant que vous avez exporté un fichier Voluson sans compression activé (Wavelet = 'Off') et avec le Volume / Raw File sélectionné … essayez d'utiliser ce script pour voir si vos données sont au format DICOM tiers. Cela ne reconstruit pas les données dans un format utilisable mais montre si vous pouvez accéder aux données de l'élément.

 import struct import sys class GETagAnalyser(object): def __init__(self,fname): self.m_fname = None if fname is not None: self.m_fname = fname self.m_tagdict = [] def readAllTags(self): with open(self.m_fname,'rb') as f: hdr = f.read(16) print hdr #find end f.seek(0,2) fend = f.tell() print fend #back to start f.seek(16,0) while f.tell() <= fend-4: t1,t2,s,tag_data,f = self.readNextTag(f) #self.m_tagdict print hex(t1), hex(t2),s #print t1, t2, s def readNextTag(self,f): firsttag = f.read(2) firsttag = struct.unpack('@H',firsttag) secondtag = f.read(2) secondtag = struct.unpack('@H',secondtag) size = f.read(4) size = struct.unpack('@I',size) data = f.read(size[0]) tag1,tag2,size,data = firsttag[0],secondtag[0],size[0],data return tag1,tag2,size,data,f def main(): if len(sys.argv) != 2: print "Usage: GETagAnalyser <inputfile>" return g = GETagAnalyser(sys.argv[1]) #print sys.argv[1] g.readAllTags()